Quando você não consegue fazer operações como exportar e importar arquivos no banco de dados pelo PHPMyAdmin por causa do tempo limite então o jeito é ir pelo comando mesmo.

No linux você faz isso com esses comandos:

• Exportar:

mysqldump -uusuario_do_banco -psenha nome_do_banco > nomedoarquivo.sql

• Importar:

mysql -uusuario_do_banco -psenha nome_do_banco < nomedoarquivo.sql

No WINDOWS os comandos são iguais, porém você precisa estar na pasta bin do seu mysql.

Caso use o EasyPHP por exemplo você precisa estar em C:\EasyPHP\mysql\bin\ quando usar o comando.